Temiz oda, temizlik derecesine göre 8 sınıfa ayrılır. Sınıflandırma kararlaştırıldıktan sonra iki aşamalı filitreleme yapılır, sıcaklık, nem, basınç hava debisi gibi parametreler otomasyon sistemi ile sürekli olarak kontrol edilir.

Temiz odalar inşa edilirken partikül üretmeyen kolayca temizlenebilen malzemeler seçilir. Temiz oda da bulunan insanların giydiği özel kıyafetler ile insanlardan atılan partiküllerin ve mikroorganizmaların en aza indirilmesi sağlanır.